Kebijakan baru yang dibuat oleh Raffles meliputi banyak bidang, mulai dari bidang birikrasi pemerintahan, bidang pendidikan, bidang perekonomian dan keuangan dan bidang hokum. Kebijakan yang telah dilakukan Raffles sebagai berikut:
1. Bidang Birikrasi Pemerintahan
a. Pulau Jawa dibagi menjadi 16 karesidenan, yang terdiri atas beberapa distrik. Setiap distrik terdapat beberapa divisi (kecamatan) yang merupakan kumpulan dari desa-desa.
b. Mengubah sistem pemerintahan yang semula dilakukan oleh penguasa pribumi menjadi sistem pemerintahan kolonial yang bercorak barat.
c. Bupati-bupati atau penguasa-penguasa pribumi dilepaskan kedudukannya sebagai kepala pribumi secara turun-temurun. Mereka dijadikan pegawai pemerintah kolonial yang langsung di bawah kekuasaan pemerintah pusat.
2. Bidang Perekonomian dan Keuangan
a. Petani diberikan kebebasan untuk menanam tanaman ekspor, sedangkan pemerintah hanya berkewajiban membuat pasar untuk merangsang petani menanam tanaman ekspor yang paling menguntungkan.
b. Penghapusan pajak hasil bumi (contingenten) dan sistem penyerahan wajib (Verplichte Leverantie) karena dianggap terlalu berat dan dapat mengurangi daya beli rakyat.
c. Menetapkan sistem sewa tanah (landrent). Sistem ini didasarkan pada anggapan bahwa pemerintah kolonial adalah pemilik tanah dan para petani dianggap sebagai penyewa (tenant) tanah pemerintah. Oleh karena itu, para petani diwajibkan membayar pajak atas penggunaan tanah pemerintah.
d. Pemungutan pajak pada mulanya secara perorangan. Namun, karena petugas tidak cukup akhirnya dipungut per desa. Pajak dibayarkan kepada kolektor yang dibantu kepala desa tanpa melalui bupati.
3. Bidang Hukum
Sistem peradilan yang diterapkan Raffles lebih baik daripada yang dilaksanakan oleh Daendels. Apabila Daendels berorientasi pada warna kulit (ras), Raffles lebih berorientasi pada besar-kecilnya kesalahan. Menurut Raffles, pengadilan merupakan benteng untuk memperoleh keadilan. Oleh karena itu, harus ada benteng yang sama bagi setiap warga negara.
4. Bidang Sosial
a. Penghapusan kerja rodi (kerja paksa).
b. Penghapusan perbudakan, tetapi dalam praktiknya beliau melanggar undang-undangnya sendiri dengan melakukan kegiatan sejenis perbudakan. Hal itu terbukti dengan pengiriman kuli-kuli dari Jawa ke Banjarmasin untuk membantu perusahaan temannya, Alexander Hare, yang sedang mengalami kekurangan tenaga kerja.
c. Peniadaan pynbank (disakiti), yaitu hukuman yang sangat kejam dengan melawan harimau.
5. Bidang Pendidikan
a. Ditulisnya buku berjudul History of Java. Dalam menulis buku tersebut, Raffles dibantu oleh juru bahasanya Raden Ario Notodiningrat dan Bupati Sumenep, Notokusumo II.
b. Memberikan bantuan kepada John Crawfurd (Residen Yogyakarta) untuk mengadakan penelitian yang menghasilkan buku berjudul History of the East Indian Archipelago, diterbitkan dalam tida jilid di Edinburgh, Scotlandia pada tahun 1820.
c. Raffles juga aktif dalam mendukung Bataviaach Genootschap, sebuah perkumpulan kebudayaan dan ilmu pengetahuan.
d. Ditemukannya bunga bangkai yang akhirnya diberi nama Rafflesia Arnoldi.
e. Dirintisnya Kebun Raya Bogo
Kebijakan-kebijakan yang dibuat oleh Raffles ini lebih baik dibandingkan dengan kebijakan yang telah dilakukan oleh Deandles ( Jendral Belanda).
" Kebijakan yang dilakukan Raffles di Hindia Belanda banyak dipengaruhi oleh terori liberalisme. Inggris mempu menerapkannya di India. Pada tahun 1812, Raffles melakukan pembahuruan system pengadlan dan sistim juri seperti di Inggris dan menata kehidupan pemerintahan di Jawa"
Dengan pembaharuan kebijakan yang telah dilakukan oleh Raffles membuat keadaan dari rakyat Indonesia menjadi lebih baik. Tetapi, walau dengan kebaikan itu pemerintahan Inggris tidak dapat lama menguasai Indonesia. Kekuasaan Inggris di Indonesia diakhiri dengan dibuatnya Convention Of London pada tahun 1814 yang berisikan:
1. Indonesia dikembalikan kepada Belanda.
2. Jajahan Belanda seperti Sailan, Kaap Koloni, Guyana, tetap ditangan Inggris.
3. Cochin (di Pantai Malabar) diambil alih oleh Inggris, sedangkan Bangka diserahkan kepada Belanda sebagai gantinya.
Kekusaan Inggris di Indonesia hanya berlangsung hanya sebentar, sekitah tahun 1811 -1816. Setelah perjanjian Concention Of London, Indonesia kembali dikuasai oleh Belanda.
"Raffles yang sudah terlanjur tertarik kepada Indonesia sangat menyesalkan lahirnya Convention of London. Akan tetapi, Raffles cukup senang karena bukan ia yang harus menyerahkan kekuasaan kepada Belanda, melainkan penggantinya yaitu John Fendall, yang berkuasa hanya lima hari. Raffles kemudian diangkat menjadi gubernur di Bengkulu yang meliputi wilayah Bangka dan Belitung. Karena pemerintahan Raffles berada di antara dua masa penjajahan Belanda, pemerintahan Inggris itu disebut sebagai masa interregnum (masa sisipan). "